Στην θαλάσσια περιοχή γύρω από την Ηρακλειά εμφανίζονται απειλούμενα είδη ψαριών όπως ο γαλαζόφτερος τόννος (blue-finned tuna), ο ξιφίας (swordfish) και το φεγγαρόψαρο (ocean sunfish).
Από θαλάσσια θηλαστικά το πιο συνηθισμένο είναι το ρινοδέλφινο (bottle-nosed dolphin). Παρατηρείται σποραδικά το κοινό δελφίνι (common dolphin), το ζωνοδέλφινο (striped dolphin) και η μεσογειακή φώκια (mediterranean monk seal).
Έχει βρεθεί στην περιοχή και ένας νεκρός νεαρός φυσητήρας (sperm whale) ο σκελετός του οποίου βρίσκεται στο ζωολογικό μουσείο της Απειράνθου στη γειτονική Νάξο.
Στην περιοχή εμφανίζεται συχνά χωρίς όμως να αναπαράγεται η θαλάσσια χελώνα καρέτα-καρέτα.
Υπάρχει ποικιλία από μαλάκια (shellfish), οστρακόδερμα (crustacean), κοράλια (coral), σφουγγάρια (sponge) και άλλα θαλάσσια ζώα.